Где Вы нашли в 2AZ-FE ВВ провода и ремень ГРМ, который Вы сами меняли.
Работу катушек проверите на стенде и по любому при отказе одной катушки , движек затарахтел бы сразу , но на 3-х цилиндрах. Разберитесь в соплях доп оборудования.И начните с начало, с контроля давления топлива.